Обычно в магазинах на практике делают "все и сразу"
назначают ночь, собирают всех сотрудников и вперед все пересчитывать
а можно ежедневно составить график и выборочно проверять группы товаров
в промежутках когда нет покупателей.

Давайте рассмотрим на примере:

Создадим новый документ "Инвентаризация"

Заполним его по кнопке "Заполнить" - По реквизиту

Классификатор

Верхняя одежда

Документ заполнится нужными позициями

только решили посчитать, как появилась какая то другая работа. Или нужно пробить чек
запишем документ и закроем его. Прошло время, открываем "Журнал инвентаризации"

Видим наш документ, кликаем кнопку "Действия"

"Информация о движении товара"

Движение не было, это означает , что проверяемый нами товар никуда исчез
за прошедшее время. Создадим документ "Чек" и продадим пару единиц

Снова кликаем кнопку "Действия" и видим

два раза кликнем по полю "Добавить движения в документ"

и если сравним с ранним документом то видим что две единицы товара списались и их не нужно считать.